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Benché l'aspirazione di Freud a rivendicare per la psicoanalisi una dignità scientifica in base ai canoni del positivismo ottocentesco non potesse che andare delusa, il dibattito sullo statuto scientifico di essa ha continuato ad accompagnarne lo sviluppo sia all'interno che all'esterno dell'istituzione psicoanalitica, presentando costantemente due anime in perenne contrasto. Quella di coloro che riaffermano la convinzione nell'appartenenza della psicoanalisi all'ambito scientifico e quella di chi invece trova inutile affannarsi a fornime le prove, ritenendo la pratica analitica più un'arte, nel senso di arte medica, che non una scienza vera e propria.
Né le rivoluzioni scientifiche del novecento e i contestuali cambiamenti dell'epistemologia hanno consentito di fare decisivi progressi riguardo lo statuto scientifico della psicoanalisi, a parte la consapevolezza degli psicoanalisti, in accordo con l'odierna riflessione epistemologica, di coltivare una disciplina nella quale uno degli aspetti costitutivi è quello per cui l'analista, nella raccolta dei dati e nella formulazione delle ipotesi, deve tener conto, in quanto osservatore partecipante, della propria influenza sull'oggetto di ricerca. Tuttavia chi, per quest'unico aspetto, si ritenesse legittimato a considerare la psicoanalisi una scienza tout court, troverebbe certamente più oppositori che sostenitori.
D'altra parte il discorso epistemologico sulla psicoanalisi è tutt'altro che univoco, risentendo anche del fatto che la stessa epistemologia moderna presenta orientamenti diversi, spesso contraddittori. È noto ad esempio come le contestazioni di Popper alla psicoanalisi, volte a sostenere la sua non falsificabilità e pertanto la sua mancanza di valore scientifico, siano state confutate da Grünbaum (1979, 1984, 1986),