L'inedita concezione della mente che Freud elabora viene basata anche sulle nuove evidenze della neurofisiologia e della neuropsicologia clinica. Eppure il «progetto» di Freud rimane una bozza, a causa di una impossibilità di operare un aggancio completo con la neurofisiologia. Questa posizione segna una cesura, un vero «golfo epistemico,” tra la linea psicologica dinamica e quella della psicologia classica. Solo negli ultimi venti anni i paradigmi introdotti dalla psicoanalisi sono stati ripresi in un'ottica neurofisiologica, nel tentativo di superare la dicotomia mente-corpo. Il confronto tra psicoanalisi, fenomenologia e neurofisiologia ha contribuito a porsi concretamente il problema del soggetto. Nell'ipotesi di un continuum tra funzioni psicologiche e funzioni di strutture nervose gli studi sulla strutturazione del Self condotti da Gallese e Northoff hanno portato alla concezione di un proto-Sé e all'esplorazione dei vissuti psicotici ad esso collegati.