Gill weist auf den Unterschied von Metapsychologie (-theorie) und klinischer Theorie in der psychoanalytischen Theoriebildung hin. Freud habe seine metatheoretischen Hypothesen explizit auf der Basis der Neurobiologie (Naturwissenschaften) entwickelt, nicht jedoch aus dem Bezugssystem psychologischer »Aussagen«. Beide psychoanalytischen Theorien, die naturwissenschaftliche (Metapsychologie) und die eigentlich psychologische (klinische Theorie), ließen sich nur gebrochen aufeinander beziehen. Die Interpretation klinischen Materials mit Begriffen wie »Besetzung«, »Energie«, »Struktur« etc. sei letztlich unanalytisch, da die Referenzstruktur der Begriffe außerhalb des psychologischen (analytischen) Geschehens liege. Die mögliche Kompatibilität wie Reziprozität beider Theorien wird nur angedeutet.