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Les historiens de la psychanalyse ont amplement et suffisamment exploré — tout autant que diversement interprété — le sens du passage de la théorie de la séduction à la théorie du fantasme pour qu'il soit utile d'y revenir ici. Rappelons seulement et de façon très schématique les deux grandes thèses qui s'affrontent à ce sujet.
La première de ces thèses défend l'idée que Freud, voulant inscrire la psychanalyse parmi les sciences de la nature, aurait prévu l'effondrement de ses hypothèses théoriques concernant l'appareil psychique ; la science ferait bientôt les progrès suffisants pour démontrer que le psychisme n'est qu'une des manifestations de notre organisation biologique, en particulier concernant la nature « organique » du refoulement des pulsions sexuelles. Comme le rappelle Ellenberger2, Franck Sulloway est l'un des principaux représentants de cette thèse, qui fait du projet freudien celui d'une « psychologie du ça »3 ou, mieux encore, d'une « psychobiologie ». De nombreux « biologistes de l'esprit », sans se rallier explicitement à cette thèse, n'en défendent pas moins l'enjeu central : l'explication ultime du psychisme de l'être humain serait à chercher exclusivement dans les cellules de son cerveau4.
La seconde thèse est celle d'un savant exigeant, partagé entre son attachement à l'esprit des Lumières dans lequel baigne toute la communauté scientifique