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Esprit profondément positiviste formé à l'école de Helmholtz, neurologue de formation élaborant son expérience clinique au moment de la découverte du neurone, Freud espérait, on le sait, construire une psychologie scientifique. Ce projet de « naturaliser » l'esprit, qui est aujourd'hui celui des modernes neurosciences cognitives, ne pouvait alors être réalisé, faute de moyens d'exploration capables d'enregistrer les modifications cérébrales contemporaines des états mentaux étudiés. Pour rendre compte des observations tirées de la méthode thérapeutique qu'il avait inventée, la psychanalyse des névroses, Freud devait donc se contenter d'un ensemble d'hypothèses, où, entre autres, il préfigurait la découverte de la barrière synaptique et de la variation des seuils d'excitation et des temps de réaction de différents réseaux neuronaux (S. Freud, 1895). Bien que rapidement contraint d'en rabattre sur ses ambitions premières et de se satisfaire d'un langage purement psychologique, il ne devait jamais renoncer à classer sa « jeune science » au nombre des sciences de la nature. Cette position première est à l'origine d'un certain nombre de malentendus, qui se sont accumulés, au fur et à mesure des progrès des neurosciences.
Si, aujourd'hui, on devrait s'accorder à reconnaître à la psychologie fondée sur la psychanalyse, le statut d'une science naturelle d'observation, analogue, par exemple, à la zoologie ou la botanique, on ne peut plus, à notre avis, considérer la métapsycholologie comme une science explicative, au même titre que la