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Freud dans toute son œuvre tente d'articuler deux pôles : héritier du mouvement européen des Lumières et soucieux de donner à la psychanalyse une rigueur scientifique, il est aussi de culture littéraire, inspiré entre autres par le Romantisme allemand et une « philosophie de la vie » nietzschéenne (Vermorel, 1993, p. 87). Il a pu en même temps appeler à une « dictature de la raison », et critiquer celle-ci : « Ce ne serait pas la première fois qu'elle [la psychanalyse] offrirait son aide aux pressentiments obscurs mais indestructibles du peuple contre la prétention au savoir des gens instruits » (Freud, 1941d [1921]/1991). Cet aspect a d'ailleurs pu nourrir la critique française du freudisme, opposant le paganisme allemand à la rationalité de l'esprit français (Sédat, 2011, Serina, 2017).
Jean Starobinski décrit lumineusement cette tension : « Nous nous trouvons en présence d'un assez singulier complexe doctrinal, où l'optimisme épistémologique (la science est en progrès, nos connaissances vont croissant) se double d'une métaphysique pessimiste (les forces primitives qui nous meuvent sont obscures, aveugles, barbares, violentes, insatiables). La lucidité est possible, mais le fond des choses est irrationnel » (1970, p. 261). Freud cherche résolument à dépasser cette contradiction, par sa « visée pragmatique d'une efficacité thérapeutique […] Persuadée de l'importance déterminante de l'instinct, la psychanalyse entend contribuer à le transformer, à l'éduquer, à ruser, à transiger avec lui, de façon que la vie de l'individu puisse s'accorder à la fois avec les exigences de la nature et celles de la culture » (1970, p. 261).
Ce faisant, Freud ouvre une possibilité de dépassement de l'opposition entre logos et alogos qui traverse depuis la philosophie grecque (Platon et Aristote) l'histoire de la pensée occidentale, jusqu'au « positivisme post-romantique » de la fin du xixe siècle (Ernest Renan : « la vérité est peut-être triste »).